Rute perjalanan kereta rel listrik (KRL) Commuterline mengalami perubahan menyusul rencana pelaksanaan switch over (SO) di Stasiun Manggarai yang akan menjadi stasiun sentral. Adapun perubahan rute terjadi pada lintas Bogor/Depok dan Cikarang/Bekasi. Sementara, untuk Lintas Rangkasbitung, Lintas Tangerang, dan KA Bandara Soetta tidak mengalami perubahan.
Perjalanan KRL Lintas Bogor hanya melayani relasi Bogor, Depok, dan Nambo menuju Jakarta Kota lewat Stasiun Manggarai. Maka dari itu, rute kereta yang menuju Stasiun Tanah Abang, Stasiun Sudirman, dan Stasiun Kampung Bandan pun dihapus. Namun, para penumpang KRL yang ingin ke Stasiun Sudirman, Stasiun Tanah Abang, Stasiun Jatinegara, dan Stasiun Bekasi bisa melakukan transit di Stasiun Manggarai.
Sementara itu, untuk perubahan KRL Lintas Bekasi/Cikarang adalah tidak adanya rute tujuan akhir Stasiun Jakarta Kota, sehingga pengguna yang ingin menuju ke stasiun tersebut harus transit di Stasiun Manggarai. Selain itu, rute tujuan KRL dari Bekasi atau Cikarang juga diubah menjadi tujuan Stasiun Tanah Abang, Pasar Senen, dan Jatinegara. Untuk KRL Lintas Cikarang akan dilakukan dengan dua skema pola operasi.
Sebagai informasi, Stasiun Manggarai akan dijadikan stasiun sentral. Stasiun Manggarai akan memiliki 18 jalur yang terletak pada lantai dasar dan 10 jalur layang di lantai 2. Sedangkan untuk lantai 1 bakal difungsikan sebagai concourse atau tempat bertemunya orang-orang yang berlalulang. Tak hanya itu, Stasiun Manggarai juga nantinya akan terintegrasi dengan moda transportasi lain, seperti TransJakarta, LRT (Lintas Raya Terpadu), dan transportasi umum lainnya.
